Процесс обучения базируется на трех логически взаимосвязанных блоках.
Образовательная методика программы «Инновационный менеджмент» базируется на подходе learning by doing и подразумевает изучение и активное использование креативных техник.
Первый блок (Базовая часть) включает дисциплины направления «Менеджмент» (первый триместр). Дисциплины этого блока нацелены в большей степени на формирование общих (универсальных и профессиональных) компетенций.
Второй блок (Вариативная часть) составлен из специализированных дисциплин, нацеленных на формирование специализированных и ключевых профессиональных компетенций в сфере предпринимательского менеджмента, создания и развития инновационных продуктов и новых бизнесов.
Большое внимание в программе отводится практической работе магистров. В рамках третьего блока (Научно-практические семинары) магистрам предоставляется возможность выработать необходимые умения в выявлении рыночных перспектив, создании концептов продуктов и новых бизнес-моделей, формировании команд, подготовке операционных планов развития инновационных проектов и привлечении инвестиций.
Магистры программы «Инновационный менеджмент» получают уникальную возможность отработать свои компетенции на практике под руководством экспертов, работая над реальными бизнес-проектами в innovationStudio (www.innovationStudio.ru) в специально технически оборудованных для работы проектных команд гибких пространствах, а также стать участниками программ innovationStudio. В 2014 году такими инициативами стали «Программа-акселератор «Building New Products & Businesses with Intellectual Hardware» и «Инновационный практикум Intel»